합작경영에 대한 조세상의 취급은 그것이 혼합형이냐 진정형이냐에 따라 달라지게 된다. 혼합형 합작기업에 대해서는 합자경영기업과 똑같이 합작경영기업법 및 그 시행규칙의 조항에 따라 과세된다. 이에 비하여, 진정한 합작경영에 있어서는 각 당사자가 자기에게 분배된 소득에 대해 납세한다.

이것은 외국측 당사자가 30퍼센트에서 50퍼센트까지의 과금세와 부가세를 납부해야 한다는 것을 의미한다. 외국 당사자가 송금하는 이익에 대해 10퍼센트의 추가적 원천과세가 되는 혼합형의 경우와는 달리 진정형에 있어서는 외국 투자가의 이익송금에 대해서는 원천과세되지 아니한다.

합작경영의 당사자들은 기업소득세 이외에 중국의 다른 세법의 적용도 받게 된다. 예컨대. 합작기업과 관련하게 중국에 배치된 직원의 소득에 대해서는 개인소득세가 부과된다. 또한, 합작경영기업의 생산품 판매 및 물품의 수입에 대해서는 관세도 부과된다. 1984년의 새로운 규칙에서는 합작경영업세에 대한 조세상의 취급을 자유화하여 일정한 경우에는 공상통일세, 상업세 및 관세의무를 면제토록 하였다. 또한 1986년 10월 111일에 공포된 외국인 투자장려규정에서는 기업소득세 감면기간이 지난후라도 기업소득세를 감면할 수 있도록 하고 있다.

경제특구내의 합작투자에 대한 조세상의 취급에 관해서도 알아야 한다. 광동성특별구에 발효중인 규칙에 의하면 혼합형 합작경영기업 및 진정형기업의 외국측 당사자는 모두 15퍼센트의 유대세율 적용을 받게 되며, 부가세는 없다. 그리고, 두가지 형태의 합작경영에 대한 조세, 관세의무의 면제 및 기타 조세상의 혜율이 부여되고 있다.

그리고 외국인투자장려규정에서는 경제특구 및 경제개발구에서 총생산액의 70퍼센트를 초과하여 수출하는 기업의 소득세를 10퍼센트로 감소하고 있다.